Podemos clasificarlos por sus características, por su posición o por su origen.Por sus características podemos decir que existen dos tipos de prefijos: los prefijos propiamente dichos y los prefijoides. Estos últimos poseen un carácter parecido al de los prefijos, aunque con algunas diferencias:Poseen un significado léxico, porque son, en realidad, sustantivos que provienen de lexemas latinos, griegos o extranjeros, no de preposiciones.Forman series no de palabras derivadas, sino de palabras compuestas: aeropuerto, aeroflota, aerotransportado, aeromoza.Pueden aparecer al principio o al final de las palabras: filosoviético, bibliófilo; grafomanía, reprografía; fagocitar, aerófago, etc.En cuanto a su posición, algunos prefijos pueden superponerse a palabras derivadas formadas con otros prefijos (p. ej.: redescubrir); otros se sitúan delante del lexema directamente.En cuanto a su origen, la mayoría provienten del latín y otros del griego, a veces incluso a través del latín. Muchas palabras griegas fueron traducidas al latín copiando prefijos griegos con otros latinos: metamorfosis, transformatio, de donde surge la española transformación.
