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Haeckel estudió Medicina en las universidades de Berlín, Wurzburgo y Viena.
Más tarde se incorporó, en calidad de asistente de zoología de Carl Gegenbaur, a la Universidad de Jena, de la que sería catedrático (1865-1909). Desde 1862 Haeckel se convirtió en el promotor más destacado de la teoría de la evolución en Alemania.
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