La principal distinción entre estos dos tipos de organismos es que las células eucariotas tienen un núcleo unido a la membrana y las células procariotas no. El núcleo es donde los eucariotas almacenan su información genética. En los procariotas, el ADN se agrupa en la región nucleoide, pero no se almacena dentro de un núcleo unido a la membrana.
El núcleo es solo uno de los muchos orgánulos unidos a la membrana en los eucariotas. Los procariotas, por otro lado, no tienen orgánulos unidos a la membrana. Otra diferencia importante es la estructura del ADN.. El ADN eucariota consta de múltiples moléculas de ADN lineal bicatenario, mientras que el de los procariotas es bicatenario y circular
