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El genoma de la moscas de la fruta contiene cuatro pares de cromosomas: un par X/Y, y tres autosomas señalados como 2, 3, 4. El cuarto cromosoma es tan pequeño que a veces se ignora, salvo el importante gen sin ojos. El genoma secuenciado de 139,5 millones de pares de bases contiene aproximadamente 15.016 genes
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